82 CADERNOS DE ANÁLISE E PROSPETIVA CULTIVAR N.º 30 ABRIL 2024 – Melhoramento e técnicas genómicas raças autóctones, sequenciar um maior número de animais com baixa cobertura, recorrer a imputação para preencher a informação em falta e fazer análises de estrutura e conservação ao nível da população a um custo inferior (ver caixa de texto). A análise de genomas de alta qualidade em animais representativos das raças autóctones pode contribuir significativamente para evitar o enviesamento inerente ao mapeamento das sequências tendo como referência genomas de raças comerciais transfronteiriças e assim caracterizar com maior precisão (evitando a omissão de alelos alternativos ou a classificação de sítios heterozigóticos como homozigóticos para o alelo de referência) a diversidade genética dessas raças locais altamente diferenciadas. Por exemplo, foi recentemente demonstrado que um “pangenoma” constituído por apenas cinco genomas de bovinos de quatro raças contemporâneas e de um iaque revelou mais de 70 milhões de bases que não estavam incluídas no genoma de referência do Bos taurus (Crysnanto et al. 2021). A utilização de métodos complementares de genómica e transcriptómica deverá possibilitar a identificação de genes expressos diferencialmente, bem como de milhares de variantes que não estão presentes no genoma de referência de cada espécie. Esta é, a nosso ver, uma ótima oportunidade para desenvolver projetos de investigação interdisciplinar entre laboratórios ibéricos para obter estes genomas, identificar os métodos mais adequados para analisar os dados de sequenciação genómica e ultrapassar as limitações computacionais que lhes estão inerentes de modo a atingir esses objetivos. Estudos centrados em questões relacionadas com a diversidade e a diferenciação genética de raças, ou a sua diversificação, forneceram dados fundamentais para a compreensão destes processos extremamente complexos. No entanto, a possibilidade de integrar métodos de modelação da estrutura populacional que possam melhorar a nossa compreensão dos processos evolutivos que levaram à diversificação 5 http://archaic.campus.ciencias.ulisboa.pt/ 6 https://aries.at.biopolis.pt/ 7 https://woofproject.wordpress.com/ observada é provavelmente um dos maiores desafios que os geneticistas populacionais enfrentam (Ajmone-Marsan et al. 2023). A combinação de dados genómicos (descritivos) obtidos para as várias espécies de animais domésticos com abordagens inferenciais/métodos de análise probabilísticos deverá abrir perspetivas de investigação inovadoras e originais. 2. Investigação dos processos de domesticação animal e diferenciação de raças A caracterização da biodiversidade através de abordagens inovadoras como as descritas acima permitir-nos-á compreender melhor os processos de domesticação e diversificação das raças. A elevada biodiversidade observada nos animais domésticos da Península Ibérica pode resultar de processos de domesticação secundária e/ou da elevada introgressão de ancestrais selvagens, também estes muito diversos neste território. Compreender a adaptação passada às condições locais e os modos de melhoramento dos animais domésticos também nos poderá ajudar a avaliar a forma como a biodiversidade se poderá adaptar a condições futuras (ver ponto 3). A origem complexa das raças primitivas ibéricas reflete-se na sua elevada diversidade genética relativamente às suas congéneres europeias, apesar da grande distância geográfica deste território em relação ao presumível centro de domesticação no Próximo-Oriente. Por esta razão, o efetivo ibérico constitui um excelente exemplo para investigar o impacto genómico dos intrincados processos de diversificação e miscigenação que decorreram nos últimos 200 anos de formação das várias raças. As abordagens filocronológicas multidisciplinares – incorporando zooarqueologia e genómica – permitem-nos captar a variação genómica ancestral e desvendar as origens, as trajetórias evolutivas e os modos de melhoramento dos animais domésticos da Península Ibérica5,6,7. A coevolução de várias espécies (e.g., bovinos, ovinos e caprinos) está a ser analisada para
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